洁净厂房施工不同于普通工业与民用建筑，空调、洁净厂房一般由专业公司承担，净化室墙、顶等专业公司根据原设计蓝图和建设人和净化单位要求进行二次深化设计，设计单位、建设单位、施工单位、监理单位进行评审，原设计单位认可。洁净厂房空调参数要求较高，专业公司同样也进行二次深化设计，评审工作更为重要。监理工程师观念不能仅仅停留在监督施工单位照图施工，要求监理工程师具备施工过程质量控制要点：对进场材料设备的验收程序一定要严格把关。
第一步；风管材质要符合设计要求，对原材脱脂工序坚持全检。
第二步，风管预制主要控制制作环境要符合，规定工艺是否符合设计。
第三步，安装过程的封闭控制以及法兰、紧固件要符合规范要求。
第四步，空调机组的试运转要脱开净化工程风管系统，漏风量测试。
第五步，洁净厂房壁板除检查平整度、垂直度外，主要控制密封状况，包括门窗的密封，水电气孔洞密封，以及表面清洁要使用无脱落纤维织物搽拭。
第六步，交叉施工，主要是自流坪施工，洁净厂房一定要防止施工过程产生的二次污染。自流坪地面施工，有对地坪打磨的工序，要使用自身带吸尘装置的打磨机。自流坪地面面层施工要掌握好时机，做早了交叉施工易造成损伤。尤其自地坪施工产生大量有害气体，无法排出，这时建议封闭回风口利用空调新风正压强制排气，新风口要另加装过滤器。
第七步，过滤器安装。安装前风管要净化设备先行吹扫，过滤器必须进行检漏试验，必要时全面检验，这是保证洁净度的关键工序。安装过程要符合规范要求。
第八步，施工过程中人员流动、工器具搬移和操作人员着装要实行严格管制。
第九洁净厂房地面平整度要求较高。
噪声是质量控制的一个难点，规范规定房间噪音应小于等于65分贝，杨凌绿方99台FFU，噪声测试为62－68分贝，曾换过3次风机才达到65分贝以下；106厂房97台FFU，噪声测试为56－60分贝，噪音控制比较成功。噪音来源于风机运转及振动，主要是要选好厂家，并重视安装过程中隔振措施。噪音过大操作人员长时间工作会造成损伤。
普通空调房间送风口散流器及回风口选型也是重点，质量差的，风速大时易引起振动造成噪音。
洁净厂房的风管及各种管线、桥架安徽人和净化工程都设置于技术夹层内，由于检查不便，往往形成死角，特别要注意各种管线的标高，要求施工单位作业前先进行图上复核，监理人员要实地复验，以便尽早发现管线交叉打架，夹层验收检查的重点是：密封胶封闭，各种管线支架数量牢固性，过滤器箱体，各种吊杆牢固性，软接是否漏风，标识是否清楚，各种管线接地跨接，各种阀体状态，不锈钢管道与碳钢支架隔离避免发生“晶蚀”现象。
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